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TTV相关病毒的发现
发布时间02年08月27日 14时31分
 

              北京大学基础医学院微生物学教研窒    李俊茜   庄辉


    近年来发现一些TTV相关病毒,如TTV样微小病毒(TLMV)、PM病毒(PMV)、SANBAN病毒(SANBAN)、YONBAN病毒(YONBAN)和SEN病毒(SENV)等,并对其致病性进行了一些研究。
    一、SANBAN病毒
    SANBAN(日文意“第三”)病毒是从日本一名健康供血员血清中分离的,该供血员用原型TTV PCR检测为TTV DNA阴性,但用测定TTV DNA覆盖面更广的PCR 检测为阳性。Hijikata[1]等对该株病毒的全序列分析表明,其基因组全长为3808个核苷酸,较TTV原型株TA278(3 852bp)短44个核苷酸,但其基因组结构与TTV TA278相似。其与TTV的氨基酸序列同源性很低。在ORF1 SANBAN较TTV TA278短25个氨基酸,同源性仅为34.2%。TTV ORF1含有2个Rep蛋白功能区,分别为FTL和YXXK,但SANBAN无此功能区,分别退化为FSL和YKFY。另一区别是TTVORF1在4个位点含天门冬氨酰胺糖基化功能区(N[^P][TS][^P]成群排列,但SANBAN仅在较远的下游 有2个此类功能区。根据66株TTV和SANBAN N22区185核苷酸序列建立的基因发生树分析表明,多数TTV属于G1~G6组,但SANBAN和少数分离株与现已报告的极大多数TTV距离很远,因此,根据ORF1序列分析,SANBAN不少是与TTV距离很远的一个基因型,或者可能是一种新病毒[2]。
    二、TTV样微小病毒(TLMV)
    2000年Takahashi等[3]报告,应用TTV DNA引物作PCR,检测日本300份因抗-HCV阳性而未被使用的供血员血浆,结果10份TTV DNA滴度>105拷贝/ml,其中3份编号为CBD231、279和203的血浆PCR产物长度较预期为短(约1.2kb),称为扩增产物0,然后对此扩增产物进行测序,并设计新引物作反向PCR,获得一个长约2.1kb DNA,称为扩增产物1,再根据其序列设计引物作反向PCR,获得1.2kb DNA,称为扩增产物2,经测序证明其与扩增产物0的序列相同。由扩增产物1和2序列推算,该病毒的全长DNA序列较TTV为短,分别为2860nt(CBD231株)、2856nt(CBD279株 )和2897nt(CBD203株),但较鸡贫血病毒(CAV)长,证明是一种新病毒,命名为TTV样微小病毒(TLMV)。CBD231株与CBD279株的核苷酸同源性为91%,CBD203株与CBD231株的同源性为58%。CBD203株与CBD231株和CBD279株的距离相当于SANBAN与TTV TA278的距离。
    TLMV可用PCR扩增,不需逆转录;用毛豆核酸酶消化后不能再扩增,提示为单股DNA。单股DNA特异性杂交试验表明,TLMV与TTV和CAV(鸡贫血病毒相似,其基因组为负链DNA。其基因结构也与TTV和CAV相似,三者均有3个开放读框(ORF)(有一个较长的ORF1和ORF2,在ORF1前端均与ORF2部分重叠)。虽然TLMV与TTV和CAV式因组全长不等,但均有一个含T-Ag功能区和GGGCAA得复序列的相对保守区。根据保守区的基因序列作基因发生树分析表明,TLMV更接近于TTV,但与CAV距离较远。
    TLMV的ORF1编码660个氨基酸,因该蛋白具有若干N化功能区,推测为糖蛋白,这与TTV和CAV相似。3株TLMV的ORF1氨基酸序列呈高度异源性,CBD231与CBD279氨基酸序列同源性为90%,CBD231与CBD203及CBD279与CBD203的同源性均为35%。但所有3株TLMV ORF1蛋白的氨基端均富含精氨酸(R)、色氨酸(W)和苯丙氨酸(F)残基。ORF1蛋白的氨基端富含精氨酸是TTV、TLMV和CAV的共同特点。但TTV和TLMV的ORF1蛋白富含色氨酸,而CAV不富含色氨酸。相反,TLMV和CAV的ORF1蛋白富含丙氨酸,而TTV则不富含丙氨酸。TLMV ORF2编码约91个氨基酸,从ORF1上游的重叠区开始,TTV和CAV也具有此特点。3株TLMV的ORF2氨基酸序列同源性是:CBD231与CBD279为88%,CBD231与CBD203为33%,CBD279与CBD203为34%。
    回顾性分析一名输血后患者的系列血清及其6名供血员的血标本表明,TLMV可经输血传播,潜伏期为6~8周,但被感染者未出现肝炎及其他症状。
    三、PM病毒(PMV)
    2000年Hallett[4]等用原型TTV PCR法检测一名患非甲~戊型肝炎和凝血障英国4岁女童(PM)血清和肝组织标本,发现222bp DNA,其与基因库中所有TTV相应序列的差异很大。后对该患者的PCR产物进行克隆,共获10个克隆,其中8个含有该序列,另2个克隆各有1个点突变。因此,作者以该女童姓名的第一字母命名为PM病毒(PMV)。
    通过对3个相互重叠的PCR片段测序,获得PMV全基因序列,全长为3736个核苷酸。PMV核苷酸序列与TTV具有共同的特点,包括ORF1、ORF2及非编码区所在的位置。PMV多腺苷酸化信号(AATAAA)始于第3028个核苷酸处。PMV的ORF1最长,编码767个氨基酸,与其它TTVORF1的氨基酸序列同源性仅为31.1%,其N末端有一个富含精氨酸区,这与其他TTV相似。ORF2较短,与其他TTV的异源性较高,其平均氨基酸同源性为32.7%。PMV ORF1含起始密码子功能区(ACCATGG),与Kozak[5]报告的最佳翻译起始序列仅差1个核苷酸。ORF2起始功能区含2个次佳核苷酸序列,其上游含保守的Sp1(GGGGGG)和Cap(CAATTC)位点。PMV的ORF3长为165核苷酸,与ORF1的C末端重叠40个核苷酸,但TTV基因序列中无特点。PMV ORF3与TTV TUS01和SANBAN平均氨基酸序列同源性为46.3%。
    从多腺苷酸化信号至ORF2的起始密码子(包括富含精氨酸区)是保守的非编码区。比较PMV与4株TTV(TA278、JA20、US35、TUS01)及1株SANBAN全序列表明,除TUS01株的非编码区长为1014外,其他4株的非编码区稀薄为1040个核苷酸,但PMV相同区段的长度只有972个核苷,最明显的截短处在富含GC区,PMV该区只有58个核苷酸,而TA278株为117个核苷酸。PMV的非编码区与其他5株TTV核苷列同源性为69.8%。
    Hijikata等[1]推测,在TTV的非编码区紧接多腺苷酸 信号下游形成枝襻结构,用同样方法分析,PMV的相应区段也有二级结构,与TTV结构极为相似,但PMV的富含GC区可能由于缺失的影响,其二级结构与TTV TA278株和TUS01株不同。
    应用PCR法检测99例供血员和98例非甲~戊型肝炎病人血清,分别为17例(17.2%)和32例(32.7%)阳性,其中32例获得可读序列,与TTV类似,但不是PMV,提示人群中PMV流行率较低。
    四、YONBAN病毒
    Takahashi等[6]应用PCR产物直接测序,从病人血清中获得4株YONBAN(日文意“第四”)几乎是全长的核苷酸序列,其与TTV原型株(TA278)和SANBAN的同源性仅为50%,与TLMV的同源性更低。该4株YONBAN病毒(KC009、KC186、KC197)及LCO11)非编码区均缺少富含GC区,其全序列长约3 600bp,各株间的同源性高达94.5%~97.0%。YONBAN病毒有3个ORF:th 5’端至3’端,ORF1编码带富含精氨酸氨基末端的糖蛋白,其氨基端富含精氨酸,缺少ATG起始密码子,但在相应位置上有一个GCCGCCACGG序列。由于ACG与上下序列符合Kozak规则[5],因此,推测它可能有起始密码子作用。ORF2编码带WX^Sub7^HX^Sub3^CXCX^Sub5^H保守功能区蛋白。ORF3编码富含丝氨酸蛋白,该区YONBAN和TLMV均有ATG密码子,但不是所有TTV分离株均有ATG。根据ORF2上游非编码区序列建立的基因发生树分析表明,与TLMV比较,YONBAN与TTV关系更近,而CAV为一单独分支。但从ORF2氨基酸水平比较,YONBAN与TTV和SANBAN关系很远,这是由于YONBAN的ORF2氨基端序列被截断。关于YONBAN病毒在人群中流行率及其致病性问题未见报道。
    五、SEN病毒
    2000年意大利学者Primi等[7,8]从1名感染HIV的毒瘾者血清中分离到一单链DNA病毒,以该病人姓名的第一个字母命名为SEN病毒(SENV)。该病毒有8个成员,分别命名为SENV-A~H。
  SENV、TLMV、TA278、SANBAN、TUS01、PMV及YONBAN的ORF全序列分析比较发现,SENV的ORF1氨基酸残基为642-762个,N末端富含精氨酸/赖氨酸区相对保守,与TTV原型株、SANBAN、YONBAN和CAV相似。SENV的ORF1具有3个Rep蛋白基序,其中SENV-A、SENV-C及SENV-H的羧基端包含一个亮氨酸拉链结构。8个SENV分离株的ORF1核酸序列与TTV TA278株存在33.1%-36.5%的同源性。与TTV TUS01、SANBAN、PMV及YONBAN之间的核酸序列同源性分别为39.3%-60.5%,46.1-78.6%,34.2%-37.1%及29.1%-36.1%,氨基酸序列的同源性低于核酸序列同源性。SENV的ORF2含有146-166个氨基酸,与TTVTA278株的同源性为33.6%-42.4%。ORF3与ORF1的3’端序列部分重叠,由81-88个氨基酸组成,含有一个TATA基序,位于ATG起始密码的上游。
    在不同人群中SENV流行率各异,在意大利健康献血员中流行率较低,在经血液传病发病率高的人群中流行率较高。SEVN-D和SENV-H在输血相关的非甲-非戊型肝炎病人中流行率较高,而在键康供血员中流行率较低。
    原型TTV及TTV相关病毒可分5个不同组:组1为YONBAN株;组2为原型TTV株;组3仅为PMV;组4为SENV、SANBAN及TUSO1;组5为新近从日本和中国他离的TTV毒株,如JT33-05、CT44-02.该5组病毒组成一群,提示它们是从一个共同的祖先进化而来。Takahashi等[6]认为,TTV、TTV相关病毒、TLMV和CAV可能组成一个病毒科(或超级科),虽然这些病毒对人几乎不致病,但在其众多成员中,某些病毒可能致病。在研究其致病性时,必须按各组的单个成员或同一小组内关系最亲近的成员进行分析。

                                        摘自《中华微生物学和免疫学杂志》2002年22卷第1期

 
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