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更快的基因排序技术问世,可将现有速度提高100倍
发布时间05年08月04日 11时18分

 
     据英国《自然》杂志7月29日报道,六年前(1999年),美国454生命科学公司创始人Jonathan Rothberg的儿子出生时被送进婴儿特别护理病房接受治疗,那时他整天都在担心自己的孩子会不会天生有什么问题,甚至希望能读取儿子的基因序列来找出到底发生了什么事情。

    而在当时,这只是天方夜谭:直到2001年,科学家们在耗费了上亿美元和十多年的时间后才首次完全破译了人类基因图谱,随后将研究成果发表在《自然》杂志上。受到自己之前为儿子担惊受怕的经历启发,Rothberg萌生出了设计一个速度更快、成本更低的基因排序技术,于是他出资建立了454生命科学公司。现在Rothberg和同事们宣布他们已经成功地完成了这一研究。

    454公司的Marcel Margulies、Michael Egholm与同事在《自然》上发表的论文中,阐述了一种基因序列读取技术,比利用“桑格法” (Sanger method)技术阅读基因组序列快一百倍。基于“桑格法”的机器在一小时内一般能够识别出六万七千组DNA代码,这些代码也被称为基本代码,而Rothberg表示,他所设计的方法能够在相同的时间内破译六百万组以上基因组序列。

    “我们比''桑格法''要快一百倍。” Rothberg说。

    454公司的序列读取法之所以能够在这样短的时间内完成测序要归功于自动学知识 :从最初的DNA片段增殖到基因组排序完成的整个过程都使用了微流控芯片技术,同时分析数千个DNA分子。相反,“桑格法”排序需要分几步来完成,而且研究者们必须在不同的测序阶段间移动DNA。 Rothberg表示,利用454公司的序列读取法,一个研究人员通过操纵一台机器就能够在一百天内轻松地完成三十亿对人类基因的排序。

    Rothberg预计,测序过程越短,成本就越低。“很显然,我们还能够进一步降低成本,”他说。“未来几年内,科学家们只要花费一万美元就能够完成人类基因测序的整个过程。” 如果预言成真的话,科学家们长期以来期待的“个性化医疗时代”就会成为现实,药品会根据个人不同的DNA量身定制。

    目前已经有几个基因序列测试中心购买了454公司这一序列读取机器。科学家们曾利用这一技术在一天内完成了对腺病毒基因组的测序工作。最近在研究治疗肺结核的药物时,科学家们也使用了这种方法来对引起肺结核的细菌进行了基因组排序。

    454公司甚至对DNA螺旋结构的发现者James Watson进行了基因组排序。Watson称今年春季他已经提供了一些血样。

    德克萨斯州休斯敦市贝尔医学院基因组测序中心的负责人Richard Gibbs和454公司顾问团的一位成员表示,454公司设计的基因测序机器避免“桑格法”测序过程中细菌繁殖时中会出现的一些缺陷,例如部分DNA在细菌群落中的生长问题等。

    圣路易斯市华盛顿大学医学院基因组排序中心的负责人Elaine Mardis表示,454公司的基因测序机器也有缺点。例如,在读取单基本代码中冗长的重复信息时会出现准确性方面的问题。Mardis认为,对于分析较短的基因组或序列时这种机器是最佳选择。“至少在短期内,没有什么技术能够代替这种机器,”他说。“但是,将来设计者们将会增加更多的重要功能,使它能够胜任更多的任务,” Mardis补充说。

摘自:中国科技信息网  

 
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