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液态芯片技术在MicroRNA研究中的应用

发布时间2006年11月27日15时20分

 

  MicroRNA expression profiles classify human cancers.
Lu J, Getz G, Miska EA, et al. Nature, 2005, 435: 834-838

目的:microRNA是一种非编码的短链RNA序列,它们在多种生物学过程中起着关键作用。目前,在部分肿瘤中发现了miRNA的表达异常,因此推测miRNA的表达特征可能反应细胞的恶性状态,但是,miRNA的表达在肿瘤诊断中的价值尚未有过系统的研究。本研究目的设计出一种新式的、经济的基于微球的流式细胞检测方法(液芯技术)系统研究miRNA的表达谱。
方法:,334个miRNA标本从不同的组织或者细胞中提取,经过变性聚苯烯酰胺电泳回收后,再利用T4 RNA连接酶连接上adaptor头,RT-PCR扩增, 扩增产物用TE稀释保存备用。然后特异性的miRNA探针共价交联在3套100种不同颜色编码的微球上,每个样本都需要与这3套微球杂交,检测读数。
结果:本研究利用液芯技术对334个包括多种人类肿瘤标本的217个哺乳动物miRNA的表达谱进行了系统研究,结果表明,肿瘤组织中的miRNA表达普遍下调;miRNA表达谱而且能够反映肿瘤的组织来源和分化状态;本研究还发现,通过分析miRNA表达谱,可以成功地对分化程度很差的肿瘤进行分类,而信使RNA的表达谱在应用于同一个样本时的准确性极低,精确率分别为12/17和1/17。液芯分析结果与northern blotting一致,且特异性比二维平面阵列芯片的特异性高很多,推测与液芯反应模式更接近液相杂交有关;液芯的动态检测范围高达正常表达水平的100倍以上。
结论:液芯技术,不仅能够最大程度上的避免固态芯片中的交叉反应,同时,在特异性、线性范围,准确度上均优于固态芯片等方法,是目前研究miRNA的最好方法。

 
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